这篇文章主要介绍MCscan如何做基因组共线性分析，文中介绍的非常详细，具有一定的参考价值，感兴趣的小伙伴们一定要看完！

多基因组基因水平共线性分析

在多基因间共线性及局部基因水平的共线性 和 基因组间共线性分析 里讲了MCscan如何做基因组共线性分析，这里再说说多基因组基因水平的共线性分析。

方法是两两基因组做共线性分析。还是以桃子，葡萄和可可为例，方法如下:

$python-mjcvi.compara.syntenymcscangrape.bedgrape.peach.lifted.anchors--iter=1-ogrape.peach.i1.blocks$python-mjcvi.compara.syntenymcscangrape.bedgrape.cacao.lifted.anchors--iter=1-ogrape.cacao.i1.blocks$python-mjcvi.formats.basejoingrape.peach.i1.blocksgrape.cacao.i1.blocks--noheader|cut-f1,2,4,6>grape.blocks

筛选关注的区域进行展示，这里展示前50列：

$head-50grape.blocks>blocks2

blocks2文件格式如下：

GSVIVT01012261001..GSVIVT01012259001ppa005716m.GSVIVT01012258001..GSVIVT01012257001ppa002846m.GSVIVT01012255001ppa000919mThecc1EG011472t1GSVIVT01012253001ppa010733mThecc1EG011473t1GSVIVT01012252001ppa015194mThecc1EG011474t1

配置文件如下：

#x,y,rotation,ha,va,color,ratio,label0.5,0.6,0,center,top,,1,grapeChr10.3,0.4,0,center,bottom,,.5,peachscaffold_10.7,0.4,0,center,bottom,,.5,cacaoscaffold_2#edgese,0,1e,0,2

运行画图：

$catgrape.bedpeach.bedcacao.bed>grape_peach_cacao.bed$python-mjcvi.graphics.syntenyblocks2grape_peach_cacao.bedblocks2.layout

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