python3如何使用hdf5文件
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什么是HDF5文件呢?先引用一波维基百科的介绍,『层级数据格式(Hierarchical Data Format:HDF)是设计用来存储和组织大量数据的一组文件格式(HDF4,HDF5)。
它最初开发于美国国家超级计算应用中心,现在由非营利社团HDF Group支持,其任务是确保HDF5技术的持续开发和存储在HDF中数据的持续可访问性。』。
HDF5 拥有一系列的优异特性,使其特别适合进行大量科学数据的存储和操作,如它支持非常多的数据类型,灵活,通用,跨平台,可扩展,高效的 I/O 性能,支持几乎无限量(高达 EB)的单文件存储等
如何在Linux中查看hdf5文件呢?h6lsinfo.h6#key1Dataset{10000}#key2Dataset{10000,5}#key3Dataset{20000,30}h6py模块
我们可以使用Python非常方便的读写hdf5文件,最常用的模块就是h6py。下面说明一下它的安装及使用方法:
安装模块pipinstallh6pypipinstallnumpy#numpy通常是作为配合使用对h6py的总结:
『一个 HDF5 文件是存储两类对象的容器,这两类对象分别为:
dataset:类似数组的数据集合; gropp;类似目录的容器,其中可以包含一个或多个 dataset 及其它的 group。
一个 HDF5 文件从一个命名为 "/" 的 group 开始,所有的 dataset 和其它 group 都包含在此 group 下,当操作 HDF5 文件时,如果没有显式指定 group 的 dataset 都是默认指 "/" 下的 dataset,另外类似相对文件路径的 group 名字都是相对于 "/" 的。
HDF5 文件的 dataset 和 group 都可以拥有描述性的元数据,称作 attribute。
用 h6py 操作 HDF5 文件,我们可以像使用目录一样使用 group,像使用 numpy 数组一样使用 dataset,像使用字典一样使用属性,非常方便和易用。』
写入hdf5文件importh6pyimportnumpyasnp#如果你要在根group下创建datasetf=h6py.File('info.h6','w')values1=np.arange(12).reshape(4,3)values2=np.arange(20).reshape(4,5)f.create_dataset(name='key1',data=np.array(values1,dtype='int64'))f.create_dataset(name='key2',data=np.array(values2,dtype='int64'))#如果你要创建一个group(目录)#然后指定dataset放置的groupf.create_group('/dir1')f.create_group('/dir1/dir2')data=np.arange(6).reshape(3,2)f.create_dataset('/dir1/dir2',data=data)#最后别忘了关闭文件f.close()读取hdf5文件
importh6pywithh6py.File(info.h6,'r')asf:values1=f['key1'].valuevalues2=f['key2'].value遍历hdf5文件
importh6pyimportnumpyasnpf=h6py.File('train/e1_1.hdf5')key=""forkinf.keys():key=kd=f[key]print(d)a=np.ones(d.shape)d.read_direct(a)print(a)f.close()
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