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hmmsearch寻找相似序列

HMMER是基于隐马尔可夫模型，用于生物序列分析工作的一个非常强大的软件包，它的一般用途是识别同源蛋白或核苷酸序列和进行序列比对。与BLAST、FASTA等序列比对和数据库搜索工具相比，HMMER更准确。

再有HMM模型的情况下寻找相似序列可用hmmsearch，用法如下：

hmmsearch --domtblout Ensembl.txt PF01535.hmm Zea_mays.AGPv3.24.pep.all.fa

输入文件PF01535.hmm为HMM模型。 比较序列文件可以是FASTA格式。

--domtblout：domtblout格式输出

结果按照E-values值从小到大排序，形式与blast类似。

其中target name是每个目标序列的名称；

query name是查询序列的名称；

score是比对得分，分值越高说明越相似；

E-value目标序列的期望值（统计意义）；

最重要的是E-value值，值越小，越可信，相当于一个统计量。

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