conda是一个包，依赖和环境管理工具，适用于多种语言，如: Python, R, Scala, Java, Javascript, C/ C++, FORTRAN。

直接在搜索引擎搜索 conda 清华，进入Anaconda | 镜像站使用帮助 | 清华大学开源软件镜像站 | Tsinghua…，找到“Miniconda 安装包可以到 https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/ 下载。”，点击下载页面，下载软件并安装。（miniconda是anaconda的轻量级替代，安装它就不用安装anaconda，miniconda的功能足够我们后续安装软件使用，不需要同时安装两个）,我安装的是miniconda。 根据自己的Linux系统选择安装对应的版本

安装最新版本的linux版示例：bash Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh,你可能会遇到下面的提示：

Please,pressENTERtocontinue>>>#此处直接点击enter即可===================================MinicondaEndUserLicenseAgreement===================================.......#这里点击好几次空格键，直到出现下面行Doyouacceptthelicenseterms?[yes|no][no]>>>#这里输入yes，点击enter#如果输入错误，比如输入yess，又删除不了，此时你应该按enter,重新输入yes即可[/home/you/miniconda2]>>>#遇到此处时，直接enter即可#这里的绝对路径是指miniconda2的安装路径installationfinished.DoyouwishtheinstallertoinitializeMiniconda2inyour/home/you/.bashrc?[yes|no][no]>>>#这里输入yes#刚开始学的人最好输入yes，目的是让conda自动给你配置环境变量#输入yes的结果是：~/.bashrc这里文件里最后几行多了conda的配置信息#less~/.bashrc,多出来的配置信息第一行如下：#addedbyMiniconda24.5.12installer.......ThankyouforinstallingMiniconda2!#出现这个代表安装成功#执行下面语句source~/.bashrc#执行后，本身就是没有任何提示conda--help#出现conda的帮助文档信息，即表明conda安装成功#这里很重要，不管安装什么软件，都要检测是否安装成功！#如下所示usage:conda[-h][-V]command...condaisatoolformanaginganddeployingapplications,environmentsandpackages.Options:......#继续调取conda子命令的帮助文档，如condacreate--helpcondainstall--helpminiconda配置镜像

因为conda安装软件类似R需要从就近的镜像里安装包一样，因此软件安装成功后，必须配置镜像；但是不同于R安装包，这里软件安装一次，只需要设置一次镜像，此后不需要再次设置！

当然，R语言也可以通过写配置文件，达到一次设置，永久使用镜像的目的。

condaconfig--addchannelshttps://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/freecondaconfig--addchannelshttps://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forgecondaconfig--addchannelshttps://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/biocondacondaconfig--setshow_channel_urlsyes

将上述语句，一句一句运行在linux命令行上，即复制一句，按一下enter键，原则上没有任何提示即为设置成功； 配置信息保存在 ~/.condarc 里，cat ~/.condarc即可查看！

安装软件前，先设置一个小环境，不要直接在自己账户的当前环境内安装软件；

怎么理解这句话呢？比如你在家里的储藏室放了A东西，但是你还可以再放进去一个柜子，柜子里还可以继续储藏东西，这个柜子就类似一个小储藏室，一个小环境，并且储藏室的环境包含了这个柜子的环境~

你可以创建很多小环境名，有的小环境坏了，你不要就可以了，就好比柜子坏了，你可以扔了，但是如果你把自己账户环境折腾坏了，好比储藏室被你搞坏了，那恢复的代价就高了~~~

condacreate-nrna#创建一个小环境名为rnacondainstallpython=2#安装python2版本#以上两句话可以等同于一句命令：condacreate-nrnapython=2

查看小环境

condainfo-econdainfo--envscondaenvlist#都是来查看已经存在小环境名的#运行后如下：rna即为刚刚建立成功的小环境名$condainfo-e#condaenvironments:#base*/home/you/miniconda2rna/home/you/miniconda2/envs/rna进入小环境创建小环境后，安装软件前，一定要进入/激活小环境在安装，否则会安装到当前账户环境下。sourceactivaterna：激活小环境名为rna的环境激活成功显示为：(rna)you16:49:30~，用户名前多了(rna)进入小环境

创建小环境后，安装软件前，一定要进入/激活小环境在安装，否则会安装到当前账户环境下。

source activate rna：激活小环境名为rna的环境

激活成功显示为：(rna) you 16:49:30 ~，用户名前多了(rna)

第一步：先从bioconda镜像查看软件名具体是什么？一个字母都不能错

第二步：conda install 软件名

第三步：成功调取软件帮助文档==确定安装成功

这里有点类似R包的安装，装后需要library()一下，才能确认安装成功

安装方法：conda install -y sra-tools trim-galore

参数解释：-y要不要均可，是问你同不同意安装，不要的时候，需要手动输入一个y，自己尝试后就理解了这句话含义；sra-tools trim-galore安装两款软件，默认安装最新版； 注意 trim-galore 一个字都不能错，一个字都不能错，重要的事情说三遍！

conda install numpy=1.11：即安装能模糊匹配到numpy版本为1.11

conda install numpy==1.11：即精确安装numpy为1.11的版本

conda update conda：更新conda

conda update bwa：更新bwa；前提是已经安装成功bwa

conda list：在当前小环境下，列举所有安装软件。

示例：

source activate rna

conda list

列举rna小环境内安装的所有软件

conda deactivate: linux下conda退出小环境命令

conda env remove --name bio-env：删除小环境及里面的内容

先安装python，才能使用pip安装python的软件，如pip install multiqc

然后按照上述步骤重新安装！

报错如下；

CondaHTTPError:HTTP000CONNECTIONFAILEDforurlElapsed:-AnHTTPerroroccurredwhentryingtoretrievethisURL.HTTPerrorsareoftenintermittent,andasimpleretrywillgetyouonyourway.

实际上，我已经设置好了镜像

condaconfig--addchannelshttps://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/freecondaconfig--addchannelshttps://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forgecondaconfig--addchannelshttps://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/biocondacondaconfig--setshow_channel_urlsyescondaconfig--showcondainstall-y-cbiocondahomer

人为指定channel 可以解决bug

condainstall-y-chttps://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/biocondahomerconda 安装软件经常冲突

事实上不可能有十全十美的工具，conda非常简易的管理了多个软件流程，那么必然也会有解决不了的事情，必然同一个流程的两个python软件基于不同版本的python包，就尴尬了。

Solvingenvironment:failedUnsatisfiableError:Thefollowingspecificationswerefoundtobeinconflict:-rsemUse"condainfo"toseethedependenciesforeachpackage.

没什么好的办法，只能说把冲突的工具安装到不同的子环境。

Solvingenvironment:failedPackagesNotFoundError:Thefollowingpackagesarenotavailablefromcurrentchannels:-salmon-boost=1.64-salmon-libcxx==4.0.0配置镜像出错

conda:commandnotfound#表明环境变量里找不到conda这个软件#出错原因：.bashrc里没有配置conda的PATH或者配置过但是没有source~/.bashrc#检验方法：运行echo$PATH，查看是否含有conda安装路径Warning:'https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge'alreadyin'channels'list,movingtothetop#表明之前已经运行过这句代码#复制镜像配置语句时复制错误，需要重新配置时，需要删除镜像配置文件rm~/.condarc#然后重新配置，参考miniconda配置镜像总结

一步安装conda并且配置好一个ngs组学环境

wget-chttps://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh#miniconda2软件下载成功bashMiniconda2-latest-Linux-x86_64.sh#遇到yes/no输入yes，其他直接enter搞定source~/.bashrcconda--help#miniconda2安装成功，并成功配置好环境变量condaconfig--addchannelshttps://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/freecondaconfig--addchannelshttps://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forgecondaconfig--addchannelshttps://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/biocondacondaconfig--setshow_channel_urlsyes#配置镜像成功condacreate-nrnapython=2#创建小环境成功，并成功安装python2版本#每建立一个小环境，都要装一个python=2的软件作为依赖sourceactivaterna#成功激活进入小环境，即可安装软件condainstall-yfastqc#出现三个done,即表示安装成功，否则重新提交命令fastqc--help#成功出现帮助文档，fastqc软件安装成功condainstall-ysra-tools#出现三个done,即表示安装成功，否则重新提交命令prefetch--help#成功出现帮助文档，sra-tools软件安装成功#安装什么软件，并不等于调用什么命令--helpsourcedeactivate#成功退出rna小环境#或直接退出当前账户