小编给大家分享一下bedtools如何批量提取基因组指定位置序列，相信大部分人都还不怎么了解，因此分享这篇文章给大家参考一下，希望大家阅读完这篇文章后大有收获，下面让我们一起去了解一下吧！

用到软件是bedtools，具体方法如下：

Usage:bedtoolsgetfasta[OPTIONS]-fi<fasta>-bed<bed/gff/vcf>Options:-fiInputFASTAfile-bedBED/GFF/VCFfileofrangestoextractfrom-fi-nameUsethenamefieldfortheFASTAheader-splitgivenBED12fmt.,extractandconcatenatethesequencesfromtheBED"blocks"(e.g.,exons)-tabWriteoutputinTABdelimitedformat.-DefaultisFASTAformat.-sForcestrandedness.Ifthefeatureoccupiestheantisense,strand,thesequencewillbereversecomplemented.-Bydefault,strandinformationisignored.-fullHeaderUsefullfastaheader.-Bydefault,onlythewordbeforethefirstspaceortabisused.

其中-fi 指定基因组fasta文件，-bed 指定要提取序列的位置文件，可以是bed、gff 或 vcf 文件（染色体碱基位置从0开始计数）。

-tab 指定输出格式。

$bedtoolsgetfasta-fiGCA_001651475.1_Ler_Assembly_genomic.fna-bedid.bed>CM004359.1:0-10gtttagggtt>CM004359.1:100-200ttagggtttagggtttagggtttagggtttagggtttagggtttagggtttagggtttagggtttagggtttagggtttagggtttagggtttagggttt>CM004359.1:1000-1050TTGTGGgaaaattatttagttgtaGGGATGAAGTCTTTCTTCGTTGTTGT$bedtoolsgetfasta-fiGCA_001651475.1_Ler_Assembly_genomic.fna-bedid.bed-tabCM004359.1:0-10gtttagggttCM004359.1:100-200ttagggtttagggtttagggtttagggtttagggtttagggtttagggtttagggtttagggtttagggtttagggtttagggtttagggtttagggtttCM004359.1:1000-1050TTGTGGgaaaattatttagttgtaGGGATGAAGTCTTTCTTCGTTGTTGT

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