小编给大家分享一下perl如何提取指定基因的fasta序列，希望大家阅读完这篇文章之后都有所收获，下面让我们一起去探讨吧！

简便好用的序列提取的perl脚本

这里，介绍一个非常简便好用的序列提取的perl脚本，用法非常简单。

用法如下：

perl/share/work/huangls/piplines/01.script/get_fa_by_id.pl<id><fa><OUT>

例如：

perl/share/work/huangls/piplines/01.script/get_fa_by_id.plid.txtinput.fastaout.fa

其中 id.txt 为要提取的序列ID，input.fasta 为输入序列文件，out.fa 是输出提取的序列文件。

id.txt 格式如下：

TRINITY_DN116733_c6_g37TRINITY_DN116733_c6_g70TRINITY_DN95808_c0_g7TRINITY_DN104586_c1_g2TRINITY_DN108413_c2_g23TRINITY_DN37223_c0_g1TRINITY_DN107955_c0_g8TRINITY_DN117047_c0_g2TRINITY_DN78058_c0_g1

这里是脚本代码：

die"perl$0<id><fa><OUT>"unless(@ARGV==3);useMath::BigFloat;useBio::SeqIO;useBio::Seq;$in=Bio::SeqIO->new(-file=>"$ARGV[1]",-format=>'Fasta');$out=Bio::SeqIO->new(-file=>">$ARGV[2]",-format=>'Fasta');my%keep;openIN,"$ARGV[0]"ordie"$!";while(<IN>){chomp;nextif/^#/;#nextunless/>>/;my@tmp=split(/\s+/);$keep{$tmp[0]}=1;}close(IN);my$i=0;while(my$seq=$in->next_seq()){my($id,$sequence,$desc)=($seq->id,$seq->seq,$seq->desc);if(exists$keep{$id}){$out->write_seq($seq);}}$in->close();$out->close();

脚本使用了Bio::SeqIO模块来处理序列文件，简洁而高效，先使用哈希来存储要提取的序列ID，然后利用Bio::SeqIO遍历序列文件，判断每条序列是否是要提取的序列，是的话就输出。

看完了这篇文章，相信你对“perl如何提取指定基因的fasta序列”有了一定的了解，如果想了解更多相关知识，欢迎关注亿速云行业资讯频道，感谢各位的阅读！