小编给大家分享一下perl如何从MEGA进化树分析结果的nwk文件中提取基因ID，希望大家阅读完这篇文章之后都有所收获，下面让我们一起去探讨吧！

从nwk文件中提取基因ID

之前多次遇到需要从nwk文件中提取基因ID的情况，为此写了一脚本，可以实现此操作。

用法：

perlnwk_geneid.pl-iin.nwk-oout.txt

in.nwk 为输入的nwk文件，out.txt是输出的基因ID文件。

脚本代码；

useGetopt::Long;usestrict;my%opts;GetOptions(\%opts,"i=s","o=s","h");open(IN,"$opts{i}")||die"open$opts{i}failed\n";open(OUT,">$opts{o}")||die"open$opts{o}failed\n";while(<IN>){chomp;my$str=$_;$str=~s/\d\.\d+//g;$str=~s/\(//g;$str=~s/\)//g;$str=~s/://g;$str=~s/;//g;my@line=split(",",$str);printOUTjoin("\n",@line);}close(IN);close(OUT);

看完了这篇文章，相信你对“perl如何从MEGA进化树分析结果的nwk文件中提取基因ID”有了一定的了解，如果想了解更多相关知识，欢迎关注亿速云行业资讯频道，感谢各位的阅读！